#include<stdio.h>
int main()
{
    int a,b;
    int tempa,tempb;
    int temp,k;
    int i=1,j=1;
while(scanf("%d %d",&a,&b)!=EOF)
    {
       
        if(a>b)
        {
            tempa=b;
            tempb=a;
        }
        else
        {
            tempa=a;
            tempb=b;
        }
        for(k=tempa;k<=tempb;k++)
        {
            temp=k;
            while(temp!=1)
            {
                if(temp%2==0)
                {
                    temp=temp/2;
                    j++;
                }
                else
                {
                    temp=temp*3+1;
                    j++;
                }
                if(j>i) i=j;
            }
            j=1;
        }
        printf("%d %d %d\n",a,b,i);
        i=1;
    }
    return 0;
}
把输入部分改了一下，主要是你的输入多吸收了一个字符。
标准的输入输出程序应该是这样的
#include<stdio.h>
int main()
{
    int a,b;
    int tempa,tempb;
    int temp,k;
    int i=1,j=1;
while(scanf("%d %d",&a,&b)!=EOF)
    {
       
        if(a>b)
        {
            tempa=b;
            tempb=a;
        }
        else
        {
            tempa=a;
            tempb=b;
        }
        for(k=tempa;k<=tempb;k++)
        {
            temp=k;
            while(temp!=1)
            {
                if(temp%2==0)
                {
                    temp=temp/2;
                    j++;
                }
                else
                {
                    temp=temp*3+1;
                    j++;
                }
                if(j>i) i=j;
            }
            j=1;
        }
        printf("%d %d %d\n",a,b,i);
        i=1;
    }
    return 0;
}
另外，你的程序还可以优化一下，在1 1000000范围上运算已经很慢了，几乎无法接受。